XÂY DỰNG DỮ LIỆU TIÊU BẢN ADN CỦA MỘT SỐ NGUỒN GEN CHUỐI BẢN ĐỊA BẰNG CHỈ THỊ SSR VÀ SCOT
XÂY DỰNG DỮ LIỆU TIÊU BẢN ADN CỦA MỘT SỐ NGUỒN GEN CHUỐI BẢN ĐỊA BẰNG CHỈ THỊ SSR VÀ SCOT
Establishing DNA fingerprinting database of some indigenous bananas using Simple Sequence Repeat and Start Codon Targered markers
Chỉ thị ADN là công cụ hữu hiệu đóng vai trò quan trọng trong việc nhận dạng nguồn gen cũng như các giống cây trồng. Nghiên cứu sử dụng 46 chỉ thị SCoT và 13 chỉ thị genic-SSR là các chỉ thị PCR-based để xây dựng tiêu bản ADN của 12 giống chuối bản địa. Kết quả phân tích đa hình với chỉ thị SCoT thu được 29/46 mồi cho đa hình giữa các nguồn gen chuối nghiên cứu, tổng cộng thu được 267 băng đa hình. Kích thước sản phẩm khuếch đại trong khoảng từ 200-2000bp. Trong đó, 8 mồi ScoT khuếch đại được 10 băng đặc trưng giúp nhận dạng 4 nguồn gen Chuối Tây Thanh Hóa, Chuối Hột, Chuối Trăm nải, chuối Gáo. Mười trong tổng số 13 chỉ thị genic-SSR cho đa hình và đã được sử dụng thành công để lập tiêu bản ADN của các nguồn gen chuối nghiên cứu, kết quả thu được 64 alen từ 10 chỉ thị, 6 chỉ thị khuếch đại được 13 alen hiếm của 6 mẫu giống trong tập đoàn nghiên cứu. Kết quả này cung cấp thêm những thông tin cần thiết cho việc quản lý, nhận dạng, cũng như công tác chọn tạo giống chuối tại Việt Nam.
DNA markers are useful tools that play an important role in plant cultivar identification. The research used PCR-based 13 genic-SSR and 46 SCoT markers for constructing DNA fingerprinting of 12 indigenous banana varieties. Polymorphism survey showed that only 10 genic-SSR and 29 ScoT markers could generate clear and polymorphic bands in among bananas collections. 267 polymorphic bands were obtained with the size of amplified fragments ranged from 200 to 2000bp by using SCoT markers. Particularly, eight SCoT markers had amplified 10 unique alleles belonging to 4 germplasms: Tay Thanh Hoa, Hot, Tram Nai, Gao. Moreover, 10 SSR loci which located in conserved regions of functional genes also generated 64 polymorphic alleles among 12 Musa accessions. Among them, six accessions were specially identified by 13 unique genic-SSR alleles. The results indicated that genic-SSR and ScoT markers were suitable to construct DNA fingerprinting database of bananas varieties and could provide reference for bananas identification in Vietnam.