ỨNG DỤNG KỸ THUẬT PCR CHẨN ĐOÁN PIPER YELLOW MOTTLE VIRUS GÂY HẠI TRÊN HỒ TIÊU (Piper nigrum L.) Ở VIỆT NAM

Piper yellow mottle virus (PYMoV) là một trong 2 loại virus gây hại chính trên hồ tiêu đã được phát hiện ở nhiều nước trên thế giới. Tuy nhiên, vấn đề chẩn đoán virus PYMoV trên hồ tiêu vẫn chưa được quan tâm nhiều tại Việt Nam. Để hỗ trợ cho việc chẩn đoán chính xác tác nhân gây bệnh virus trên hồ tiêu, trong đó có PYMoV, và sản xuất giống tiêu sạch virus ở Việt Nam, quy trình PCR đã được phát triển để chẩn đoán virus này. Theo đó, kỹ thuật PCR được áp dụng để khuếch đại đoạn gen có kích thước khoảng 450 bp hay 400 bp từ bộ gen virus với mồi PYMoI hay PYMoIII tương ứng. Quy trình chẩn đoán được sử dụng cho việc xác định sự hiện diện của virus ở các vườn trồng hồ tiêu tại các khu vực Tây Ninh, Đồng Nai và Đăk Lăk. Kết quả cho thấy đã phát triển thành công quy trình chẩn đoán PYMoV. Phản ứng PCR có thể phát hiện virus ở mức 100 bản sao/µL. Trình tự đoạn gen khuếch đại có độ tương đồng từ 85% - 87% so với trình tự đã được công bố trên Ngân hàng gen. Sự hiện diện của virus được ghi nhận ở tất cả các khu vực khảo sát với tỷ lệ nhiễm trung bình 41,12% (88 trong tổng số 214 mẫu). Tỷ lệ nhiễm virus cao nhất được ghi nhận tại Tây Ninh (57,69%) và thấp nhất tại Đồng Nai (24,51%). Kết quả này cho thấy PYMoV hiện đang gây nhiễm khá phổ biến trên hồ tiêu ở Việt Nam.

Piper yellow mottle virus (PYMoV) is one of two main types of pepper-infecting viruses that has been identified in many countries in the world. However, in Vietnam, the diagnosis of this virus in pepper has not been adequate attention. For supporting accurate diagnosis of the agents causing viral diseases in pepper, including PYMoV, and production of the pepper free-virus seedlings in Vietnam, a PCR protocol was developed to detect PYMoV. Accordingly, the PCR was designed to amplify the 400 or 450 bp segment of the viral genome using primer of PYMoI or PYMoIII, respectively. This diagnosis protocol was also used for determining the presence of PYMoV in pepper growing areas of Tay Ninh, Dong Nai and Dak Lak provinces of Vietnam. The results showed that the PCR protocol was successfully developed for detecting PYMoV from pepper leaf. The PCR was able to detected the virus in a pepper leaf sample at a level of 100 copies/µL. The sequence of amplified gene fragment with homology of 85% to 87% compared to its published sequence on Genebank. The presence of virus was determined at an average rate of 41.12% (88 of 214 samples) in all surveyed areas. The highest rate of viral infection was recorded in Tay Ninh (57.69%) and the lowest one was in Dong Nai (24.51%). This suggests that the PYMoV is quite prevalent on the pepper in Vietnam.