ỨNG DỤNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ TRONG CHỌN TẠO GIỐNG LÚA CHỊU NGẬP AS996-Sub1

Chỉ thị phân tử đã được ứng dụng rất nhiều trong lĩnh vực chọn tạo giống cây trồng, đặc biệt là cây lúa. Quần thể chọn giống được tạo ra từ việc lai tạo giữa giống lúa AS996 và giống lúa mang gen chịu ngập IR64-Sub1. QTL chịu ngập Sub1, giữ vai trò tới 70% tính chịu ngập. Sử dụng 400 chỉ thị để sàng lọc hai giống bố mẹ đã tìm được 71 chỉ thị SSR cho đa hình. Tiến hành chọn lọc các cá thể của quần thể lai trở lại trong thế hệ BC₁F₁ , BC₂F₁ và BC₃F₁ bằng chỉ thị phân tử SSR đa hình để sàng lọc sự có mặt của QTL chịu ngập Sub1 và nền gen giống nhận gen. Trong số 120 cá thể BC₁F₁ , đã chọn được cá thể số 16 mang nền gen của giống AS996 là 80% (alen A), và mang kiểu gen dị hợp tử (alen H) đạt tỉ lệ 20% để phát triển tiếp quần thể lai trở lại. Trong số 128 cá thể BC₂F₁ , đã chọn được cá thể số 5 mang nền gen của giống AS996 là 93,8% (alen A), và mang kiểu gen dị hợp tử (alen H) đạt tỉ lệ 6,2% để phát triển tiếp quần thể lai trở lại trong việc tạo thế hệ BC₃F₁ cho chọn giống. Trong số 132 cá thể BC₃F₁ , đã chọn được cá thể số 56 với 98,9% nền di truyền của giống nhận gen AS996 và mang QTL Sub1. Cá thể số 56 của thế hệ BC₃F₁ được tự thụ tạo ra thế hệ BC₃F₂ , BC₃F₃ để phát triển thành quần thể chọn giống trong các giai đoạn tiếp theo. Các dòng BC₃F₃ có đặc điểm nông sinh học tốt và có tính chịu ngập cao tiếp tục được chọn lọc để tạo giống lúa chịu ngập mới ASS996-Sub1 thích ứng với biến đổi khí hậu.

Molecular markers have been widely applied in the field of plant breeding, especially in rice breeding. The breeding population was created by crossing two rice varieties, including AS996 and IR64-Sub1 carrying submergencetolerant gene. QTL Sub1, which plays a role of up to 70% of the submergence tolerance. 71 SSR markers were found to be polymorphic among 400 studied markers for screening two parent breeds. The polymorphic SSR makers were used to select individuals of the backcross population in the BC₁F₁, BC₂F₁ and BC₃F₁ generations for screening the presence of QTL Sub1 and genetic background. The individual number 16 with 80% of AS996 genetic background (A allele), and 20% heterozygous genotype (H allele) was selected among 120 BC₁F₁ individuals for further development of backcross population. The individual number 5 with 93.8% of AS996 genetic background (A allele), and 6.2% heterozygous genotype (H allele) was selected among 128 BC₂F₁ individuals for developing the BC₃F₁ generation. The individual number 56 with 98.9% genetic background of the variety AS996 and carrying the QTL Sub1 was selected among 132 individuals in the BC₃F₁ generation. The line number 56 of BC₃F₁ was self-pollinated to create the BC₃F₂ , BC₃F₃ generations which are used for population selection in the next stages. The BC₃F₃ lines with good agro-biological characteristics and high submergence tolerance continue to be selected for creating a new submegence-tolerant rice variety ASS996-Sub1 adapted to climate change.