THIẾT KẾ VÀ XÂY DỰNG BỘ CHỈ THỊ PHÂN TỬ PHỤC VỤ KIỂM ĐỊNH VÀ NGHIÊN CỨU DI TRUYỀN SÂM NGỌC LINH (Panax vietnamensis)

Sử dụng chỉ thị phân tử phục vụ kiểm định và phân tích di truyền các loài sâm, đặc biệt là sâm Ngọc Linh (Panax vietnamensis) là một trong những vấn đề được quan tâm hiện nay. Trong nghiên cứu này, các chỉ thị phân tử trình tự lặp đơn giản (SSR) phục vụ kiểm định và phân tích di truyền kiểu gen sâm Ngọc Linh đã được thiết kế dựa trên cơ sở dữ liệu tham chiếu hệ gen nhân và lục lạp của sâm Hàn Quốc (Panax ginseng). Kết quả đã thiết kế được 600 chỉ thị phân tử, 200 chỉ thị thiết kế từ trình tự SSR có độ lặp cao được chọn lọc để chạy khảo sát. Trong đó, ba motif lặp, bao gồm -AT-, -AA- và -TT- được đánh giá là các trình tự lặp phổ biến nhất được thiết kế cho các chỉ thị SSR. Kết quả điện di cho thấy, 134 chỉ thị SSR có khả năng khuếch đại đoạn trình tự mục tiêu của P. ginseng và P. vietnamensis với kích thước băng từ 100 ÷ 300 bp như thiết kế. Kết quả của nghiên cứu này sẽ cung cấp những thông tin cơ bản về các chỉ thị phân tử phục vụ công tác kiểm định và phân tích di truyền các loài sâm Việt trong đó có sâm Ngọc Linh.

Genetic analysis of medical plants, especially of Vietnamese ginseng (Panax vietnamensis) is considered to be one of the most fascinating unsolved issues. In this study, a set of the simple sequence repeats (SSRs) molecular markers for P. vietnamensis was established based on the reference nuclear and chloroplast genome of the Korean ginseng (P. ginseng). As a result, a total of 200 SSRs (out of 600 designed markers) was used to amplify DNA of P. vietnamensis and P. ginseng. Among them, three di-nucleotide motifs, -AT-, -AA- and -TT- were identified to be the most common repeats in the design of SSR markers for P. vietnamensis. PCR-validation confirmed that 134 SSR markers were successfully amplified the approximately 100÷300-bp-sequences of both P. ginseng and P. vietnamensis. Our study would provide an initial background for the genetic analysis of the Panax species in Vietnam.