PHÂN TÍCH TÍNH BẢO THỦ TRONG CẤU TRÚC VÀ KHAI THÁC DỮ LIỆU BIỂU HIỆN CỦA HỌ GEN MÃ HÓA TIỂU PHẦN YA CỦA NHÂN TỐ PHIÊN MÃ NF-Y Ở CÂY RAU DỀN

NF-Y đóng vai trò là nhân tố phiên mã quan trọng trong quá trình sinh lý và phát triển của thực vật. Tuy nhiên, thông tin về tiểu phần YA cấu trúc nên NF-Y ở cây rau dền (Amaranthus hypochondriacus) vẫn chưa được làm sáng tỏ. Kết quả đã xác định tổng số 6 thành viên trong họ YA ở A. hypochondriacus. Phân tích cấu trúc cho thấy họ YA có kích thước dao động từ 230 đến 337 axít amin, tương ứng với trọng lượng từ 25,3 đến 36,7 kDa. Giá trị điểm đẳng điện của YA ở rau dền nằm trong khoảng từ axít yếu (5,96) đến bazơ (9,67), có ái lực trung bình với nước từ -0,679 đến -0,938 và cư trú trong nhân tế bào. Sơ đồ hình cây cho thấy hầu hết YA có sự tương đồng về cấu trúc vùng bảo thủ, với ba vùng chức năng riêng biệt. Đánh giá mức độ biểu hiện chỉ ra 5 gen AHYPO_014525-RA, AHYPO_002745-RA, AHYPO_003114-RA, AHYPO_002483-RA và AHYPO_009600-RA có biểu hiện mạnh ở cả hoa, hạt trưởng thành và chồi. Các kết quả nghiên cứu góp phần định hướng được ứng viên tiềm năng cho các gen NF-YA trong sinh trưởng và phát triển ở cây rau dền.

Nuclear factor - Y (NF-Y) acts as an important growth regulator in the physiological process and development of plants. However, Nuclear factor-YA (NF-YA) subunit in amaranth (Amaranthus hypochondriacus) has not been clarified. The results determined a total of six members in the YA subunits in A. hypochondriacus. Structural analysis showed that the YA family has the size from 230 to 337 amino acids, corresponding to a molecular weight between 25.3 and 36.7 kDa. The isoelectric point of NF-YA in amaranth ranges from weakly acidic (5.96) to basic (9.67) value and has an average affinity for water from -0.679 to -0.938, and is mostly localized in the nucleus. The phylogenetic tree showed that YA subunit has a similar structure of conserved regions, with 3 distinct functional domains. Gene expression profile analysis showed that five genes AHYPO_014525-RA, AHYPO_002745-RA, AHYPO_003114-RA, AHYPO_002483-RA and AHYPO_009600-RA are strongly expressed in flowers, mature seeds and shoots. These results uncover potential candidates for the NF-YA genes in the growth and development of amaranth.