PHÂN TÍCH IN SILICO HỌ GEN MÃ HÓA YẾU TỐ PHIÊN MÃ NUCLEAR FACTOR - YB TRÊN CAM NGỌT (Citrus sinensis)

Trong nghiên cứu này, họ gen mã hóa tiểu phần NF-YB (Nuclear factor-YB) đã được phân tích trên hệ gen cây cam ngọt (Citrus sinensis) bằng phương pháp tin sinh học. Kết quả đã xác định được 19 gen mã hóa cho họ NF-YB, CsNF-YB, trên hệ gen cam ngọt. Phân tích cấu trúc gen cho thấy họ CsNF-YB khác nhau về kích thước và số lượng exon/intron. Kích thước và trọng lượng của các phân tử CsNF-YB khá đa dạng. CsNF-YB4, -YB9, -YB10, -YB11, -YB12, -YB13, -YB15 và -YB19 có kích thước và trọng lượng ở mức trung bình nên chúng có thể dễ dàng xuyên qua màng. Giá trị pI và công cụ TargetP cho thấy họ NF-YB có thể cư trú ở nhiều vị trí để thực hiện chức năng trong tế bào. Cuối cùng, dựa vào dữ liệu RNA-Seq, hầu hết các gen CsNF-YB đều được tăng cường phiên mã tại ít nhất 1 mô hoặc cơ quan chính. Gen CsNF-YB6 được tăng cường phiên mã ở lá, trong khi CsNF-YB3 và CsNF-YB7 có thể được tích lũy nhiều ở callus. Một số gen, như CsNF-YB13, -YB19 và -YB5 có mức độ biểu hiện rất mạnh ở cả 4 mô, cơ quan chính trên cây cam ngọt.

In this study, gene family encoding NF-YB (Nuclear factor-YB) was identified in the sweet orange genome (Citrus sinensis) by using various bioinformatics approaches. As a result, 19 genes, named CsNF-YB, were annotated in the sweet orange genome. Our structural analyses showed a range of differences of the length and exon/intron organization betweens CsNF-YB genes. Next, the features of CsNF-YB subunits were investigated to be variable. Among them, CsNF-YB4, -YB9, -YB10, -YB11, -YB12, -YB13, -YB15 and -YB19 had average sizes and molecular weights, suggesting that they could be easily passed through the membranes. The analysis of pI values and the TargetP prediction of NF-YB family suggested that these subunits might be distributed in many organelles to play their important roles in the cell. Finally, based on the available RNA-Seq data, most of CsNF-YB genes were strongly expressed in at least 1 major tissue/organ. CsNF-YB6 were up-regulated in leaf, while CsNF-YB3 and CsNF-YB7 were highly expressed in callus. Interestingly, some genes, including CsNF-YB13, -YB18 and -YB5 were specifically expressed in whole 4 major tissues/organs in sweet orange plant.