PHÂN TÍCH DỮ LIỆU CỦA PROTEIN GIÀU METHIONINE THÔNG QUA SÀNG LỌC HỆ PROTEIN CỦA SẮN

Trong nghiên cứu này, thông tin về nhóm protein giàu Methionine (Methionine-rich protein, MRP) đã được tìm hiểu một cách đầy đủ trên cây sắn (Manihot esculenta) bằng các công cụ tin sinh học. Kết quả đã xác định được tổng số 155 MRP, với tiêu chí kích thước ≥ 95 axít amin và hàm lượng Met ≥ 6%. Trong đó, 52 (trên tổng số 155) MRP chưa được chú giải chức năng ở sắn. Phân tích cho thấy các MRP chưa rõ chức năng có đặc tính lý hóa đa dạng. Dự đoán vị trí phân bố nội bào đã chỉ ra rằng các MRP có thể nằm ở lục lạp, ty thể và hệ thống bao gói. Đáng chú ý, các gen mã hóa MRP chưa rõ chức năng có biểu hiện khác nhau trên các cơ quan chính trên cây sắn. Kết quả của nghiên cứu này đã cung cấp những dẫn liệu quan trọng cho việc tìm hiểu cơ chế đáp ứng bất lợi phi sinh học của cây sắn.

In this study, the Methionine-rich protein (MRP) were comprehensively investigated in cassava (Manihot esculenta) by various bioinformatics approaches. As the results, a total of 155 MRPs has been identified by the following criteria: size ≥ 95 amino acids and Met ≥ 6%. Among them, 52 (out of 155) MRPs have been not annotated and characterized in the proteome of cassava. We found that these uncharacterized MRPs exhibited a variation of physic-chemical features. Our results also predicted that a number of unknown MRPs could be localized in the chloroplast, mitochrondia and secretory pathway. Interestingly, the genes encoding uncharacterized MRP exhibited differential expression in major organs in cassava plants. Taken together, our study could provide a critical foundation for further investigation of the mechanism of abiotic stress response in cassava plants.