NGHIÊN CỨU LIÊN KẾT TRÊN TOÀN HỆ GEN HÀM LƯỢNG SILIC TRONG THÂN CỦA CÂY LÚA

Trong nghiên cứu này, GWAS về hàm lượng silic trong thân của cây lúa dựa trên cơ sở dữa liệu kiểu gen (genotyping by sequencing - GBS) và hàm lượng silic trong thân của 170 mẫu giống lúa được tiến hành khảo sát. Kết quả GWAS đã xác định được 9 SNP nằm trên NST số 1, số 6 và số 11 với tần số alen từ 18% đến 48% có ý nghĩa tạo nên sự khác nhau về hàm lượng silic trong thân của các giống lúa. 9 gen đã được dự kiến cho hàm lượng silic trong thân của cây lúa ở các vị trí SNP tương ứng. Kết quả nghiên cứu này là cơ sở cho các nghiên cứu tiếp theo để phát triển chỉ thị phân tử trong chọn tạo giống lúa có hàm lượng silic trong rơm rạ phù hợp

In this study, GWAS for silica content was investigated in the stem of 170 rice accessions collected in Vietnam. In the GBS result, a total of 328,656 SNPs stored in HapMap on 12 chromosomes was obtained. The silica content in the stems of 170 rice accession ranged from 1.1% to 2.68% (for samples harvested in the Spring season) and from 0.83% to 3.1% (for samples harvested in the Summer season). The results of GWAS for silica content in the stems of 170 rice accessions, at Log10 (P-value) ≥ 3 with significant P <0.001 showed that 9 SNPs on Ch.1, Ch.6 and Ch.11 were identified with the frequency of minor allele from 18% to 48% in the LD causing trait difference. Based on the position of SNPs peak, 9 candidate genes for silica content in rice stem were identified, including LOC_Os01g62480, LOC_Os01g62640, LOC_Os06g39080, LOC_Os06g39390, LOC_Os06g39470, LOC_Os11g39990, LOC_Os11g40030, LOC_Os11g40150 and LOC_Os11g40210. These candidate genes can be used for further research to develop molecular markers in rice breeding with the traits of silica content and to detect genes for silica content in rice stem.