NGHIÊN CỨU CƠ CHẾ TIẾN HÓA CỦA HỌ GENE MÃ HÓA TIỂU PHẦN NUCLEAR FACTOR-YA Ở CAM NGỌT (Citrus sinensis)

Trong nghiên cứu này, cơ chế tiến hóa và nhân rộng của họ gen mã hóa tiểu phần yếu tố nhân-YA (NF-YA) đã được phân tích trên hệ gen cam ngọt (Citrus sinensis). Trong số 6 gen CsNF-YA, 1 cặp gen lặp, CsNF-YA3 và CsNFYA6 đã được xác định với mức tương đồng ở cấp độ nucleotit đạt 57,6%. Sự kiện gen lặp này xuất phát từ 2 nhiễm sắc thể chứng tỏ hiện tượng lặp gen trên các nhiễm sắc thể khác nhau có thể là nguyên nhân chính để giải thích cho sự nhân rộng của họ gen CsNF-YA ở cam ngọt. Tính toán giá trị Ka/Ks cho thấy chọn lọc tự nhiên đã kìm hãm đột biến điểm xảy ra trên cặp gen lặp nhằm giữ nguyên vẹn cấu trúc gen trong suốt 54,75 triệu năm trước. Phân tích cấu trúc protein đã xác định được 1 đoạn tương đồng chung nằm trong vùng chức năng của họ NF-YA ở thực vật, trong khi 4 đoạn tương đồng còn lại được dự đoán có thể đặc trưng cho họ NF-YA ở cam ngọt.

In this study, the mechanism of evolution and expansion of Nuclear factor-YA (NF-YA) gene family has been investigated in sweet orange (Citrus sinensis). Among 6 CsNF-YA genes previously published, 1 duplicated pair, CsNF-YA3 and CsNF-YA6, has been found with 57.6% of the homologous sequence identity. The presence of these duplicated genes on different chromosomes clearly suggests that the segmental duplication could be associated with the expansion of the NF-YA gene family in sweet orange. The calculation of Ka/Ks ratio revealed the possibility of natural selection associated with the limitation of deleterious mutations during approximately 54.75 million years ago. Analyses of protein features also indicated that 1 conserved motif located in the functional region of planta NFYA was found, while other 4 motifs were suggested to be the specific regions for NF-YA in sweet orange.