LỰA CHỌN PHƯƠNG PHÁP TÁCH CHIẾT DNA CHO ỨNG DỤNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ TRONG CHỌN GIỐNG LÚA
LỰA CHỌN PHƯƠNG PHÁP TÁCH CHIẾT DNA CHO ỨNG DỤNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ TRONG CHỌN GIỐNG LÚA
Evaluation of DNA extraction methods for marker-assisted selection in rice breeding
Chỉ thị phân tử là công cụ hỗ trợ đắc lực và hiệu quả trong chọn tạo giống lúa nhằm chọn lọc nhanh các cá thể mang gen quy định tính trạng mục tiêu trong quần thể phân ly. Để đáp ứng được yêu cầu về thời gian và chi phí trong quá trình sàng lọc số lượng mẫu lớn đòi hỏi phải có phương pháp tách chiết DNA nhanh và đảm bảo chất lượng cho các phân tích di truyền. Ngày nay, có nhiều phương pháp tách chiết DNA hiệu quả, tuy nhiên, điều kiện trang thiết bị và hóa chất khác nhau ở mỗi phòng thí nghiệm dẫn đến sự sai khác về chất lượng DNA tách chiết. Trong nghiên cứu này đã áp dụng sáu phương pháp để tách chiết DNA tổng số từ mẫu lá lúa (CTAB cải tiến, Urea cải tiến, Muối cải tiến, IRRI, SDS cải tiến và FCRI). Hàm lượng và độ tinh sạch của mẫu DNA sau tách chiết đã được kiểm tra. Phương pháp FCRI cho nồng độ DNA cao (131,41 ng/µl), DNA đảm bảo nguyên vẹn và độ tinh sạch (giá trị OD260nm/ OD280nm đạt 1,8 - 2,0). Sản phẩm DNA tách chiết bằng phương pháp FCRI đáp ứng chất lượng cho phân tích PCR, tiết kiệm thời gian và hóa chất, giảm ô nhiễm môi trường.
Molecular markers are an effective tool in rice breeding to quickly select individuals carrying genes that determine the target traits in segregated populations. In order to meet the time and cost requirements for screening large numbers of samples, fast DNA extraction and good quality DNA are required for genetic analysis. Today, there are many effective methods of DNA extraction, however, the conditions of equipment and chemicals vary from laboratory to laboratory resulting in differences in the quality of extracted DNA. erefore, in this study, six DNA extraction methods were analyzed for choosing the once that ¸ts our conditions (modi¸ed CTAB, modi¸ed Urea, modi¸ed Salt, IRRI, modi¸ed SDS and FCRI methods). e concentration, quality and purity of DNA aµer
extraction were examined. e time of DNA extraction was also evaluated. e FCRI method gave high DNA concentration of 131.41 ng/µl. DNA ensured purity (OD260nm/ OD280nm within range of 1.8 - 2.0) and high intact DNA. DNA product extracted from this method met the quality of PCR. e FCRI method is suitable for the application of molecular markers to support research on rice breeding, saving time, reducing the chemical for extracting and protecting the environment.