• NGHIÊN CỨU NHÓM GEN QUY ĐỊNH PROTEIN VẬN CHUYỂN ĐƯỜNG SUCROSE Ở CÂY DIÊM MẠCH (Chenopodium quinoa) BẰNG CÔNG CỤ TIN SINH HỌC DỮ LIỆU LỚN

NGHIÊN CỨU NHÓM GEN QUY ĐỊNH PROTEIN VẬN CHUYỂN ĐƯỜNG SUCROSE Ở CÂY DIÊM MẠCH (Chenopodium quinoa) BẰNG CÔNG CỤ TIN SINH HỌC DỮ LIỆU LỚN

Xem các bài khác
Số trang của bài
18-24
Bài toàn văn
Chuyên mục
Tạp chí thường kỳ
Tên bài

NGHIÊN CỨU NHÓM GEN QUY ĐỊNH PROTEIN VẬN CHUYỂN ĐƯỜNG SUCROSE Ở CÂY DIÊM MẠCH (Chenopodium quinoa) BẰNG CÔNG CỤ TIN SINH HỌC DỮ LIỆU LỚN

Tên tác giả
Phạm Phương Thu, Trần Thị Phương Liên, Tạ Hồng Lĩnh, Chu Đức Hà, Nguyễn Thị Ngọc Ánh, Bùi Thị Thu Hương, Nguyễn Văn Lộc, Lê Thị Ngọc Quỳnh, Nguyễn Sông Thao, Trần Thị Thanh Huyền
Category
Monthly Journal
Title

Study on the sucrose transporter gene family in quinoa (Chenopodium quinoa) by the big data analytic computational approaches

Author
Pham Phuong Thu, Tran Thi Phuong Lien, Ta Hong Linh, Chu Duc Ha, Nguyen Thi Ngoc Anh, Bui Thi Thu Huong, Nguyen Van Loc, Le Thi Ngoc Quynh, Nguyen Song Thao, Tran Thi Thanh Huyen
Tóm tắt

Diêm mạch (Chenopodium quinoa) là một trong những đối tượng cây trồng có giá trị kinh tế cao và được trồng trọt phổ biến trên thế giới. Tuy nhiên, những hiểu biết về cơ chế thích nghi của cây diêm mạch vẫn còn hạn chế do thông tin di truyền của loài mới chỉ được ghi nhận gần đây. Trong nghiên cứu này, họ protein vận chuyển đường sucrose, SWEET (Sugar Will Eventually be Exported Transporter), đã được tìm hiểu ở cây diêm mạch thông qua các công cụ phân tích tin sinh học dữ liệu lớn. Kết quả đã xác định được 29 gen CqSWEET trong hệ gen của diêm mạch. Trong đó, phần lớn họ gen CqSWEET đều chứa năm hoặc sáu exon, tương tự như họ SWEET ở các loài thực vật khác. Đánh giá dữ liệu biểu hiện cho thấy các gen CqSWEET có biểu hiện đa dạng tại bộ phận chính trong cây. Đáng chú ý, CqSWEET09 và 20 có biểu hiện đặc thù tại hoa và quả. Kết quả của nghiên cứu này đã cung cấp những dẫn liệu khoa học cho việc tìm hiểu về vai trò của họ CqSWEET liên quan đến tính chống chịu bất lợi ở cây diêm mạch.

Abstract

Quinoa (Chenopodium quinoa) is regarded as one of the highly-valued crops that are cultivated widely in the world. However, the mechanism of the adaptation in the quinoa plant has been still lacking, even the genetic information of this species was recently published. In this study, the sucrose transporter, namely ‘SWEET’ (Sugar Will Eventually be Exported Transporter), has been identified in the quinoa genome by the big data computational analysis. As a result, a total of 29 CqSWEET genes has been reported in the quinoa genome. Among them, the majority of  CqSWEET genes contain five or six exons, as confirmed in other plant species. Our expression analysis indicated that the CqSWEET genes had differentially expressed in the major organs. Interestingly, CqSWEET09 and 20 have been noted to exclusively express in both flowers and fruits. Taken together, our study could provide a solid foundation for further investigation of the function of the CqSWEET genes related to the mechanism of stress response in quinoa.

Từ khoá / Keywords

Cây diêm mạch
dữ liệu lớn
SWEET
tin sinh học
Chenopodium quinoa
big data
SWEET
bioinformatics