NGHIÊN CỨU CẤU TRÚC VÀ ĐÁNH GIÁ IN SILICO BIỂU HIỆN CỦA HỌ GEN MÃ HÓA TIỂU PHẦN NUCLEAR FACTOR-YB Ở CÂY RAU DỀN

Trong nghiên cứu này, thông tin về tiểu phần Nuclear factor-YB (NF-YB) ở cây rau dền (Amaranthus hypochondriacus) đã được phân tích một cách toàn diện thông qua các công cụ tin sinh học. Kết quả đã xác định được tổng số 16 thành viên trong họ NF-YB ở A. hypochondriacus. Phân tích cấu trúc cho thấy họ NF-YB có kích thước dao động từ 51 đến 328 axit amin, tương ứng với trọng lượng từ 5,58 đến 35,88 kilo Dalton. Giá trị điểm đẳng điện của NF-YB ở rau dền nằm trong khoảng từ axit (4,09) đến bazơ (9,95). Sơ đồ hình cây cho thấy NF-YB có sự tương đồng về cấu trúc vùng bảo thủ, với 3 miền chức năng riêng biệt. Đánh giá dữ liệu biểu hiện cho thấy họ gen mã hóa NF-YB được tăng cường biểu hiện ở ít nhất 1 cơ quan trên cây rau dền. Trong đó, 4 gen, AHYPO_001076-RA, AHYPO_003409-RA, AHYPO_013452-RA và AHYPO_014999-RA biểu hiện rất mạnh ở vị trí lá, rễ, thân và hoa. Kết quả của nghiên cứu này đã cung cấp những hiểu biết mới về họ NF-Y nói chung trên cây rau dền.

In this study, the information of the Nuclear factor-YB (NF-YB) in Amaranthus hypochondriacus has been comprehensively analyzed based on various bioinformatics approaches. A total of 16 members has been found in the NF-YB family in A. hypochondriacus database. Our structural analysis revealed that the sizes of NF-YBs ranged from 51 to 328 residues, while their molecular masses were varied from 5.58 to 35.88 kilo Dalton. The scores of the isoelectric points were found from the acidic (4.09) to base (9.95). The unrooted phylogenetic tree showed that NF-YBs share the conserved domain, which consists 3 distinct sub-domains. Data mining of the transcriptome atlas indicated that the genes encoding NF-YB are highly induced in at least 1 organ. Among them, 4 genes, including AHYPO_001076-RA, AHYPO_003409-RA, AHYPO_013452-RA and AHYPO_014999-RA are noted to exclusively express in leaves, roots, stems and floral. Taken together, our results could contribute to the understanding of the NF-Y transcription factor in A. hypochondriacus.